Dar Domnul este nevoit să mustre biserica aceasta pentru că a permis unor oameni cu învăţături străine să rămână în rândurile ei. Aceştia erau cei care susţineau doctrina lui Balaam şi a Nicolaiţilor. Doctrina lui Balaam aproba consumul lucrurilor închinate idolilor şi imoralitatea sexuală. De asemenea se referă la practica de a predica pentru câştig bănesc, ca angajat (Numeri 22-25;31).
Doctrina Nicolaiţilor nu este precizată. Mulţi învăţaţi ai Bibliei consideră că aceştia erau libertinii, conform cărora cei aflaţi sub har ar fi fost liberi să practice idolatria şi păcatele sexuale. Dr. C. I. Scofield leagă însă această doctrină de apariţia sistemului cleric:
„Este doctrina care susţine că Dumnezeu ar fi instituit un ordin special al „clerului" sau al preoţilor, distinct de cel al „laicilor" sau „mirenilor". Termenul este format din două cuvinte greceşti, niko, cuceritor sau biruitor, şi laos, popor. Noul Testament nu cunoaşte însă nimic despre aşa numitul „cleric", şi încă şi mai puţin despre preot, afară doar de faptul că toţi fiii lui Dumnezeu din cadrul actualei dispensaţii sunt: „o preoţie sfântă". În biserica apostolică existau următoarele funcţii: bătrânii (sau episcopii; „presbiterii") şi diaconii; iar darurile erau: apostolii, prorocii, evangheliştii, pastorii şi învăţătorii (Efeseni 4:11). Aceştia s-ar fi putut sau nu să fie bătrânii sau diaconii. Dar către sfârşitul perioadei apostolice a ieşit o dispoziţie prin care li se aroga doar bătrânilor autoritatea de a administra rânduielile şi, în general, de a se constitui într-o clasă situată între Dumnezeu şi popor; ei erau Nicolaiţii. Veţi observa că ceea ce erau „fapte" la Efes sau către sfârşitul perioadei apostolice, devenise cu două sute de ani mai târziu „o doctrină" la Pergam sau în perioada lui Constantin.”